Конвертировать все таблицы из MyISAM в InnoDB

Запустите эту инструкцию SQL (в клиенте MySQL, phpMyAdmin или где угодно), чтобы получить все таблицы MyISAM в вашей базе данных.

Замените значение переменной name_of_your_db на ваше имя базы данных.

SET @DATABASE_NAME = 'name_of_your_db';

SELECT  CONCAT('ALTER TABLE `', table_name, '` ENGINE=InnoDB;') AS sql_statements
FROM    information_schema.tables AS tb
WHERE   table_schema = @DATABASE_NAME
AND     `ENGINE` = 'MyISAM'
AND     `TABLE_TYPE` = 'BASE TABLE'
ORDER BY table_name DESC;

Затем скопируйте вывод и запустите его как новый запрос SQL.